Родился в Педдингтоне (Англия) Он был из еврейской семьи, вторым сыном бизнесмена Ионы Натана и Мириам Натан. Один его брат был артиллерийским офицером, а второй,  сэр Натаниэль Натан, -  колониальным судьёй в Тринидаде и Тобаго . С 1880 по 1884 год. Натан получил образование в Королевском военном колледже, Сандхерсте и Королевской инженерной школе Chatham  и имел звание Королевского инженера. Он участвовал в военных экспедициях в Судане (1884-1885 гг.) и Лушаи в Индии (1889-1894гг.). Получил звание капитана в 1889 году и стал секретарем колониального комитета обороны. Был повышен в звании и назначен исполняющим обязанности губернатора Сьерра-Леоне. В 1899 году он стал также губернатором Голд-Кост.  Занимал  эту должность, до 1903 года. В 1903 году Натан был назначен губернатором Гонконга . На этой должности он будет служить до 1907 года. Во время своего пребывания в Гонконге Натан создал центральное городское планирование, изменил политику в отношении развития и роста Гонконга, построил основные магистрали на полуострове Коулун, начал строительство современного железнодорожного узла. В 1904 г. решил, что Коулуну необходима тенистая банановая аллея. Местные жители отнеслись к этому грандиозному проекту скептически. Теперь же нижняя часть улицы и примыкающие к ней переулки являются воплощением теории экономической выгодности развития потребительского общества.  Здесь находится огромное количество магазинов, торгующих фото- и видеотоварами, электроникой и шелком, восточнее продают одежду, располагаются бары, караоке-бары и рестораны. Здесь же энергичные уличные торговцы предлагают «фирменные» наручные часы. Улица стала главной магистралью Коулуна и была впоследствии названа Натан Роуд в честь губернатора Мэтью Натана. Почта Гонконга в 2010 году выпустила марку с изображением улицы Натан Роуд.
В 1907 году Натан был возведен в ранг подполковника. Через 2 года  он вернулся в Англию и получил назначение секретарём почтамта , и служил на этой должности до 1911 года. Затем Натан был назначен заместителем министра Ирландии в августе 1914 года, сразу после начала Первой мировой войны и подписания закона об ирландском самоуправлении.  Его непосредственным начальником был главный секретарь, Августин Биррелл . В это время главный секретарь проводил большую часть своего времени в Лондоне, где он был членом кабинета, так что заместитель Генерального секретаря был фактически главой администрации в Ирландии. В Страстную пятницу, 21 апреля 1916, Натан был проинформирован, что у побережья графства Керри, были перехвачены германские суда с грузом оружия и боеприпасов для ирландских повстанцев, которые с помощью Германии собирались провозгласить независимость Ирландии от Британии. Это восстание, названное впоследствии Пасхальным, началось 24 апреля 1916 года. Натан находился в своем офисе в Дублинском замке. Замок подвергся нападению,  но повстанцы не смогли его захватить. Натан фактически был заключенным до прибытия английских войск из лагеря Curragh. Оставался в замке до конца недели и поддерживал контакты с Лондоном, сообщая правительству о ситуации Восстание было подавлено уже 30 апреля. Лидер «Ирландских добровольцев» Патрик Пирс был взят в плен и расстрелян (3 мая) по приговору трибунала, как и его брат Уильям и 14 других руководителей восстания. Главный секретарь Биррелл и его заместитель Натан подали в отставку. Королевская комиссия по расследованию фактов восстания  критически отозвалась о Биррелле и Натане, в частности, за их непринятие мер против повстанцев в течение нескольких недель и месяцев до восстания. После своей отставки Натан был назначен секретарем министерства пенсий. Эту должность он занимал до 1919 года. В 1920 году был назначен губернатором штата Квинсленд  (Австралия) и служил в этой должности до 1925 года. Это был его последний пост  колониальной службы. Во время своего пребывания в должности, Натан активно пропагандировал туда британскую миграцию.  Был он  пожизненным холостяком, хотя ходили  слухи о его романах. Умер Мэтью Натан в Англии в возрасте 77 лет.