Родился в семье еврейских эмигрантов, которые с своё время и очень  вовремя уехали из Германии в США. Окончив университет Аризоны и получив степень бакалавра психологии, Джерри в конце 60-х устроился на работу в нью-йоркский офис рекламного агентства BBDO, где занимался сортировкой почты.  Какое-то время он  делал одноминутные рекламные ролики, которые снимал в родном Детройте. Один из этих мини-фильмов, пародия на «Бонни и Клайда», была отмечена журналом «Тайм» и привлекла к 23-летнему продюсеру внимание всемирно известного рекламного агентства «BBD&O», которое переманило его в Нью-Йорк. Через 4 года он уехал в Голливуд.
 В 30 лет Брукхаймер возглавил производство таких запоминающихся фильмов, как «Прощай, любимая», «Американский жиголо» и «Танец-вспышка» (1983). Последний из этих проектов изменил жизнь Брукхаймера, сведя его с продюсером Доном Симпсоном, вместе с которым они проработали следующие 13 лет. Картина, посвящённая исполнительнице эротических танцев, которая мечтает стать балериной, была рискованной даже для начала 1980-х. Она  неожиданно принесла создателям большой успех — свыше 90 млн долларов сборов, да ещё и премию «Оскар». Дуэт Симпсона и Брукхаймера выпускал хит
за хитом: «Лучший стрелок», «Дни грома», «Полицейский из Беверли-Хиллз, «Плохие парни», «Опасные умы» и «Багровый прилив». Кассовый успех его фильмов был признан в 1985 и 1988 годах, когда Национальная ассоциация владельцев кинотеатров выбирала Брукхаймера продюсером года. В 1988 г. Гильдия критиков Америки выбрала его вместе с Симпсоном Людьми года в кино индустрии. 
Фильм «Скала» (1996) стал последним совместным проектом. Через месяц после выхода картины Дон Симпсон умер от передозировки. С тех пор Джерри Брукхаймер работает один. В 1997 г. Брукхаймер выпустил фильм «Воздушная тюрьма», заработавший 230 миллионов долларов, две номинации на «Оскар», «Грэмми» и принесший своему продюсеру премию «ShoWest» за небывалый кассовый успех в иностранном прокате. В сезоне 2005-2006 г. он побил рекорд: одновременно на телевидении США шли 10 его сериалов, чего не случалось за 60 лет истории американского телевидения. Его фильмы (кассовые сборы шестнадцати из которых превысили отметку в 100 миллионов долларов в США) и телевизионные программы были отмечены 41 номинацией на приз Кино академии «Оскар», шестью премиями «Оскар», восемью номинациями на премию «Грэмми», четырьмя премиями «Золотой глобус», 77 номинациями на премию «Эмми», 17 премиями «Эмми», 23 номинациями на премию «People’s Choice Awards», 15 премиями «People’s Choice Awards», 12 номинациями и двумя призами Британской академии кино- и телевизионных искусств (BAFTA), многочисленными наградами «MTV», включая приз за лучший фильм десятилетия («Полицейский из Беверли-Хиллз») и 20 премиями «Teen Choice Awards». 
21-й век начался для Брукхаймера с трижды номинированного на «Оскар» фильма «Пёрл-Харбор» режиссёра Майкла Бэя. Помимо номинаций на различные премии и премию «Оскар» за монтаж звука, фильм заработал более 450 миллионов долларов в мировом кинопрокате и ещё 250 миллионов после выпуска на видео и DVD. Обратившись к жанру комедии в 2003 г., Брукхаймер выпустил смешной семейный фильм «Кенгуру Джекпот», получивший награду «MTV» за лучшую виртуальную роль (кенгуру). Затем  Брукхаймер сделал два самых успешных проекта – «Пираты Карибского мря» (2003) и «Пираты Карибского моря 2: Сундук мертвеца» (2006). Появился третий фильм «Пиратов», а затем и четвёртый. Джерри Брукхаймер — не просто успешный голливудский продюсер. Он один из тех, на ком держится современная киноиндустрия. Его картины принесли Голливуду свыше 15 млрд долларов, не говоря уже о совершённых им открытиях — именно Брукхаймер привёл в большое кино Тома Круза, Уилла Смита, Майкла Бэя и многих других. Нисколько не преувеличивая, Брукхаймер — это целая эпоха.