Был потомком марранов (насильно крещённых испанских евреев). У родителей Жана было 8 детей. Мать умерла рано и их воспитывала бабушка Зора, муж которой умер в тюрьме инквизиции. Она была интеллигентной образованной женщиной и старалась дать детям хорошее воспитание. Почти все они свободно владели испанским, португальским, французским, английским и итальянским языками. В 1765 году она, спасаясь от инквизиции, вместе с детьми бежала во Францию, затем переехала на Гаити, где и родился Жан. Был он красив, элегантен, храбр, хорошо одевался и хорошо владел оружием. От французских властей получил каперское свидетельство. Первый захват испанского судна он совершил в 19 лет. Его  старшие братья Пьер и Доменик тоже выбрали пиратскую стезю, но заводилой всегда был Жан. После 4-х лет пиратства он женился и решил покончить с этим опасным, хотя и прибыльным делом. Вместе с семьёй он сел на корабль и отправился во Францию, но по дороге был захвачен испанским военным галеоном. У него отобрали всё его богатство, а самого высадили на необитаемом островке. По счастью, там случайно оказалась американская шхуна, которая привезла его в Новый Орлеан нищим, но полным ненависти к испанцам. Вместе с братьями и несколькими единомышленниками Жан купил шхуну и начал грабить испанские корабли в Мексиканском заливе. Скоро у него уже была флотилия из 10 кораблей. На острове Гранд Тэрре пираты создали базу, на которой работало 3 тыс. человек, разгружая и складируя награбленные и контрабандные товары и устраивая аукционы рабов. Влияние Лаффитов было настолько велико, что когда губернатор Нового Орлеана объявил награду 500$ за поимку Жана, тот выпустил контрпредложение выдать 5000 $ тому, кто доставит губернатора на пиратскую базу Баратерия. Англичане тоже пытались справиться с пиратами. Когда им это не удалось, они предложили Лафиту большое вознаграждение и чин офицера британского флота за помощь в борьбе с США. (Война между Англией и Соединёнными штатами длилась до 1815 года). Жан попросил две недели на размышление, а сам предложил властям США встать во главе флибустьеров на защиту Нового Орлеана при условии, что власти простят им прежние грехи. Однако, американцы не поверили пирату. Они напали на базу Баратария и разгромили её. Но когда приблизилась английская эскадра из 50 кораблей с тремя тысячами солдат и возникла реальная угроза захвата Нового Орлеана, сменили гнев на милость и допустили флибустьеров к обороне города. У пиратов было огромное количество оружия и боеприпасов и многие историки считают, что именно участие отряда Жана Лафита явилось основным фактором победы американцев. Жан стал национальным героем. Президент США Джеймс Мэдисон подписал указ о полной амнистии и реабилитации флибустьеров и всех 3-х Лафитов. Всем им было предоставлено гражданство США. Но, не имея других средств существования и благодаря своей авантюристической натуре, Жан продолжал вести жизнь пирата. Мало того, воспользовавшись антииспанским восстанием в Мексике, он захватил город Галвестон в Техасе, сжёг его дотла, а потом основал на острове в 1817 году пиратское государство - коммуну, которое просуществовало до 1821 года. Когда американскому правительству надоели жалобы испанцев на пиратство и контрабандные операции обитателей этого государства, оно послало военную шхуну к берегам Галвестона и потребовало в течение 2-х месяцев очистить остров. Пираты разбежались кто куда. Жан Лафит поджёг посёлок и покинул его последним, как и полагается капитану. Считается, что он спрятал в различных местах несметные сокровища. Некоторое время он продолжал пиратствовать в Мексиканском заливе. По одной из версий он погиб в пиратской схватке в 1825 или 1826 году. Но существует и другая версия, которая гораздо интереснее первой. Согласно этой версии, он не погиб, а после разрушения своего королевства, поселился в Штатах. В июне 1831 года под именем Джорджа Лафлина женился на дочери богатого торговца и поселился в Сент-Луисе. Принимает участие в переправке беглых рабов на Север, затем переезжает в Иллинойс. Пишет мемуары, которые завещает опубликовать только через 107 лет. В них, будто бы, есть запись, что  он был знаком с Карлом Марксом и Фридрихом Энгельсом, встречался с ними и, будучи в Европе, открыл в Парижском банке счёт для финансирования …этих двух молодых людей с тем, чтобы помочь им в деле свершения революции рабочими всего мира. 

Видный американский экономист Энтони Саттон в своей книге Власть доллара, пишет об этом, как о доказанном факте, на основании письма, которое написал Жан Лаффит своему другу художнику Франку 29 сентября 1847 года из Брюсселя в  Сент-Луис. В этом письме Лаффит сообщает о финансовой помощи оказанной им Марксу и Энгельсу. Маркс, согласно этой версии, передал через Лаффита экземпляр Коммунистического манифеста Аврааму Линкольну, который был тогда сенатором. 
Бывший работорговец, пират и контрабандист стал радетелем мировой революции. Умер он по этой версии в 1854 году, простудившись при встрече партии беглых рабов переправляемых с Юга. Именем Жана Лаффита назван рыбацкий посёлок в окрестностях Нового Орлеана и Национальный исторический парк и заповедник там же. В 1961 году Почта Гаити выпустила серию марок, посвящённую пиратам, что, конечно, относится и к Лафиту.